C’est l’un des aquariums publics les plus anciens de France. Créé et intégré au musée des colonies en 1931, l’aquarium tropical  a été mis en place durant l’exposition universelle pour montrer la faune aquatique des pays tropicaux et a bénéficié des apports des gouverneurs qui ramenaient des poissons à l'occasion de leur retour en métropole.

Le Palais de la Porte Dorée est l’unique bâtiment témoin de l'exposition universelle de 1931 et abrite le seul aquarium parisien demeuré accessible pendant le XXème siècle, jusqu’à la réouverture de l’aquarium du Trocadéro cette année. Tout au long de son histoire, l'aquarium tropical a suivi les différentes appellations sans jamais perdre son identité. De musée des colonies à musée de la France d'Outre mer puis musée des Arts d'Afrique et Océanie, il est aujourd’hui rattaché au ministère des affaires culturelles et est resté ouvert malgré le déménagement du MAAO sur le quai Branly. En 1985, le sort de l’aquarium a pourtant vacillé entre fermeture définitive et restauration. Une importante rénovation fut finalement entreprise pour acquérir des installations modernes de filtration et de production de l'eau afin d’accueillir de nouveaux poissons possédant des exigences spécifiques. L’aspect historique fut bien heureusement sauvegardé.

En fonction des reproductions, des achats, des dons et des échanges avec d'autres aquariums publics, la collection de l’aquarium compte environ 5 000 animaux de 350 espèces différentes réparties dans des bacs allant de 100 à 37 000 Litres. Ces bacs sont divisés en thèmes suivant le type de poissons, le type de biotope ou suivant des caractéristiques morphologiques.