La Calypso était à l'origine un dragueur de mines à coque en bois construit pour la Royal Navy britannique par la Ballard Marine Railway Company de Seattle, Washington, aux États-Unis. Sa construction fut lancée le 21 mars 1942 et elle fut mise en service dans la Royal Navy en février 1943. Elle fut ensuite affectée au service actif en mer Méditerranée en 1944, avant d’être expédiée à Malte et finalement supprimée du Registre Naval en 1947. Après la Seconde Guerre mondiale, elle devint un ferry entre Malte et l'île de Gozo, et a été rebaptisée du nom de la nymphe Calypso, dont l'île mythologique d'Ogygia était associé à Gozo.

Le milliardaire irlandais et ancien député Thomas Loel Guinness acheta la Calypso en 1950 et la loua à Cousteau pour un franc symbolique par an. Le commandant la modifia alors à Antibes en un navire d'expédition et de base de soutien pour la plongée, et en base de tournage et de recherche océanographique. La Calypso transporta du matériel de pointe de toute sorte, dont deux mini sous-marins développés par Cousteau, des soucoupes de plongée et des scooters sous-marins. Le commandant l’équipa plus tard d'une chambre d'observation vitrée située dans le nez à trois mètres sous la ligne de flottaison. Une plateforme fut également construite pour pouvoir accueillir un hélicoptère.

Elle resta pendant 43 ans l'inséparable compagne du marin au bonnet rouge et fit découvrir le monde du silence sur toutes les mers du globe à des millions de téléspectateurs. Pour le navire, l'aventure s'acheva en Asie, avec son naufrage à Singapour, en 1996. Renflouée, elle fut ramenée à La Rochelle deux ans plus tard, dans l'attente d'une décision sur son sort. Une longue bataille juridique opposa alors Francine Cousteau, à la tête de l'Equipe Cousteau, aux Campagnes Océaniques Françaises, association à laquelle appartenait le fils du commandant, Jean-Michel Cousteau. Les deux parties se sont disputées la propriété du bateau, qui a finalement été attribuée à la veuve du commandant, en avril 2006, par la cour d'appel de Paris.